生物氧化工艺基本可以分为金属解离氧化工艺、原生矿物氧化工艺和次生矿物氧化工艺3种类型。
(1)金属解离氧化工艺。采用细菌对载体矿物进行氧化，使其中被包裹的有价元素裸露出来，易于下一步作业回收。如对包裹金(或银)的各种载体矿物进行氧化及溶解的过程，使其中的金(或银)解离出来易于回收。
(2)原生矿物氧化工艺。采用细菌对原生硫化矿物氧化及溶解的过程，使其中的金属组分被回收。如黄铜矿、硫钴矿、闪锌矿等的生物浸出则为原生矿物的氧化。
(3)次生矿物溶解工艺。采用细菌对次生矿物(氧化物及碳酸盐)氧化及溶解，通过对黄铁矿，或是类似的含铁及含硫的矿物的初级氧化以提供可以溶解金属的Fe3 及硫酸溶液。如对铀矿中铀的回收，即是通过铀矿中存在的(或加入的)黄铁矿被细菌氧化产生硫酸及Fe3 ，然后，硫酸溶解含铀酰离子的矿物，Fe3 使铀的氧化物氧化(U4 氧化为U6 )，使其易于回收。