对于生物氧化过程中的细菌，使用时需要知道菌液中所含的细菌数量。测定和计量细菌的数量一般有以下几种方法：
(1)比浊法。其原理是因为菌体不透光，利用菌液所含细菌浓度不同，液体的浑浊度则不同，然后利用分光光度计测定菌液的光密度。用测得的光密度和标准曲线对比，即可得知菌液的密度。
(2)直接计数法。该方法是利用血球计数器(Hemocytometer)，直接在显微镜下观察计数所取菌液样品中的细菌数量。
(3)平皿计数法。该方法是将所要测定的菌液取出后，稀释成一定的倍数，用固体培养基制成平板，然后在一定的温度下进行培养，使其长成菌落(Colony formation unit，CFU)，计算出菌落数，再乘以稀释倍数，则得到所测菌液的活菌浓度。
(4)液体稀释法。该方法是将菌液按连续的10倍系列在培养基中稀释成不同的浓度，然后进行培养。经培养后，记录每个稀释度出现生长的试管数，然后查 可能数表(Most probable number，MPN，见有关微生物实验教材)，根据样品的稀释倍数就可计算出其中活菌的含量。
(5)细胞干重测定法。该方法是将菌液离心或过滤后，洗涤除去培养基成分后转移到适的容器中，置100～105℃干燥箱烘干或低温低压干燥(60～80℃)至恒重后称重。一般细胞干重为细胞湿重的10％～20％，对于细菌，一个细胞重约10-12～10-13g。
目前，采用较多的微生物生长测定方法是比浊法、直接计数法和液体稀释法。以上均为直接计数方法。此外，也有采用蛋白质分析方法来估测细菌的数量。