生物氧化过程中，不同的细菌生理上有着较大的差异，如T.f.菌作为电子的供体，能够氧化Fe2 和不饱和硫化物；T.t.菌只能氧化硫和不饱和硫化物；L.f.菌只能氧化Fe2 。这些菌在硫化矿生物氧化过程中起不同的作用。
有人研究认为，在对硫化铜矿石及含金砷黄铁矿的生物氧化研究中，发现 初氧化过程中起主要作用的是T.f.菌，经过一段时间后，则起主要作用的是L.f.菌和T.t.菌，而T.f.菌很少能检测到。
(1)氧化细菌的新陈代谢作用
细菌在长期的进化过程中，形成了一套严密、精确、灵敏的代谢调节体系。细菌的新陈代谢过程错综复杂，参与代谢的物质也多种多样，但细菌的代谢调节体系能够严格地控制代谢活动，使其有序而 地运行，并能灵活地适应外界环境，关键在于其体内的调节蛋白(Regulatory proteins)和代谢酶(Metabolic enzymes)。当外界的环境发生变化时，通过调节蛋白调节控制代谢酶的合成速度，从而控制细菌的代谢速度以适应外界环境的变化。
在细菌氧化过程中，随着矿浆中硫化矿物成分的变化，细菌会通过自身的代谢调节体系不断地调节代谢功能以适应氧化环境的变化。
(2)氧化细菌的催化作用
细菌的催化作用是相对于细菌的氧化机理而言，是指由于细菌的代谢过程，化学反应生成物的浓度降低，而反应物的浓度增加，从而加速了化学反应的速度，使氧化过程加快。