由于磷灰石与一些含钙的碳酸盐矿物同属含氧酸钙盐，当使用脂肪酸类捕收剂时，它们的可浮性相似，给分离带来困难。磷灰石浮选的主要问题是磷灰石与含钙的碳酸盐矿物(如方解石、自云石等)的分离，磷矿物与碳酸盐脉石矿物分离的方法有如下三种：
(1)用水玻璃和淀粉等抑制碳酸盐等脉石矿物。用脂肪酸类作捕收剂，可用煤油作辅助捕收剂，浮选磷矿物。浮选时矿浆的pH值为9～11。用碳酸钠及氢氧化钠调pH值：
(2)加六偏磷酸钠抑制磷矿物，用脂肪酸先浮出碳酸盐脉石矿物，然后再浮磷矿物。
(3)用有选择性的烃基硫酸酯作捕收剂，先浮出碳酸盐矿物，再用油酸浮磷矿物。